最後に、遺伝子診断には深刻な倫理的問題がともないます。すなわち診断情報の秘密保持並びに診断によって生じる差別の問題です。米国国立衛生研究所(NIH−
National Institution of Health )は遺伝学(81)の革命的な進歩によって生じる倫理問題の研究を支援しており、差別から人を守る条例や法律の制定を目指しています。すでに健康保険における遺伝子差別の禁止やプライバシーに関する法律が制定されている州もあります。事前の説明と同意を得ることなしには遺伝子診断を行えないようにする仕組作りの研究も行われています。(注:日本ではまだ検討段階です)