陰茎がんの組織型(顕微鏡での分類)は95%以上、扁平上皮がんです。その他の組織型として基底細胞がんやメラノーマ(悪性黒色腫)、肉腫（カポジ肉腫など）などがありますが頻度は少ないです。陰茎がんの罹患率は先進国では非常に低く、10万人あたり1人未満です。しかし、発展途上国での罹患率は依然として高く、アジアやアフリカ、南アメリカのいくつかの地域では、その発生頻度は10万人あたり20人を超える地域もあります。しかもこれらの地域では陰茎がんの男性がんに占める割合が10%-20%にも及ぶのです。

陰茎がん発生のリスクファクターとしては年齢、喫煙、包茎、HPV(ヒトパピローマウイルス)の感染、が知られています。陰茎がんの好発年齢は60歳であり、若年者にはほとんど発生しません。また、喫煙者は非喫煙者に比べて3倍発生率が高く、包茎があると陰茎がんの発生は10倍以上高いとされます。HPVの感染は陰茎がんの最も強いリスクファクターです。陰茎がんの27-71％でHPVに感染しており、最も多いサブタイプは16型と18型です。
陰茎には良性腫瘍も発生します。その代表は、尖圭コンジローマです。尖圭コンジローマは性行為感染症としても有名で、尖圭コンジローマの原因ウィルスもHPVですが、陰茎がんとはサブタイプが異なり6型と11型です。これらウィルスの悪性能力は低く、通常がん化することはありません。陰茎には通常の皮膚と同じように様々な腫瘍ができます。良性腫瘍の中にも前がん病変として認識され、注意が必要なものがあります。この場合には生検をして区別することが重要です。
陰茎がんはリンパ行性転移をきたしやすく、初診時に鼠径部リンパ節腫大を約60％に認めます。しかし実際にリンパ節転移であるものはこの半分であり、残りは炎症性腫大です。陰茎がん全体での5年全生存率は52％と報告され、リンパ節転移がなければ66％、リンパ節転移があれば27％、骨盤内リンパ節転移があればさらに低くなります。